Научные исследования
Заповедная территория предназначена быть эталоном, образцом природы той зоны, где расположен заповедник. Поэтому, постоянные наблюдения за природой, сбор, обработка и анализ информации, которые проводятся сотрудниками заповедников, представляют особый интерес для науки.
В заповеднике «Большая Кокшага» все исследовательские работы осуществляются по утвержденной долгосрочной Программе, основными направлениями которой являются:
- Познание закономерностей
структурно-функциональной организации экосистем заповедника и прилегающих территорий - Познание закономерностей временной динамики видовых популяций, экосистем и ландшафтов заповедника
- Изучение особенностей экологии массовых и редких видов организмов.
Специалисты заповедника являются координаторами исследований, проводимых в заповеднике сторонними исполнителями — учеными республики, а также разных городов России и зарубежья. По наиболее проблемным темам организуются

На территории заповедника проходят практику и собирают научный материал для написания курсовых и дипломных работ студенты экологических, биологических и лесохозяйственных специальностей различных вузов России.
Результаты исследований помогут глубже заглянуть в тайны природы, познать процессы развития природных систем без воздействия человека и применять полученные знания на благо природе и человеку.

Мониторинговые работы
На территории заповедника осуществляется комплекс мониторинговых работ. Общее количество параметров окружающей среды, измеряемых в ходе экологического мониторинга, составляет 17 ед.:
- Измерение максимальной температуры воздуха на метеопосту с помощью максимального термометра (более 10 лет).
- Измерение минимальной температуры воздуха на метеопосту с помощью минимального термометра (более 10 лет).
- Измерение количества осадков на метеопосту с помощью осадкомера Третьякова (более 10 лет).
- Учет урожайности черники на двух учетных площадках(более 10 лет).
- Учет урожайности клюквы на двух учетных площадках (более 10 лет).
- Учет урожайности желудей дуба на учетных площадках (более 10 лет).
- Учет мощности снегового покрова на четырех снегомерных маршрутах.
- Зимние маршрутные учеты на постоянных маршрутах (более 10 лет).
- Карточки регистрации животных и их деятельности (более 10 лет).
- Измерение уровня воды на водомерном посту Шимаево р. Большая Кокшага (более 10 лет).
- Динамика обрушение берега у кордона Красная Горка (более 10 лет).
- Фенонаблюдения «Фенологическая периодизация года» (более 10 лет).
- Оценка урожайности шляпочных грибов (более 10 лет).
- Погодичная динамика состава и продуктивности луговых фитоценозов заповедника на 5 площадках по 1 м2.
- Погодичная динамика зарастания луговых фитоценозов поле д. Шаптунга и ур. Коноплянник.
- Мониторинг термического режима почв на метеопосту.
- Измерение атмосферного давления на метеопосту.