Учреждения, с которыми наш заповедник поддерживает тесные партнерские отношения
Биологический кружок ВООП, ИПЭЭ РАН, Центр охраны дикой природы, г. Москва Тема: «Учет птиц в заповеднике «Большая Кокшага». Срок действия до 2014 г.
Государственный Дарвиновский музей (г. Москва) по теме «Изучение структуры орнитофауны и мелких млекопитающих заповедника». Срок действия до 2014 г.
Федеральное государственное учреждение «Волжско-Камский государственный заповедник», Республика Татарстан. Тема «Оценка современного состояния фауны и населения птиц заповедника». Ежегодно с 2009 г.
Учреждение Российской академии наук Институт проблем экологии и эволюции им. А. Н. Северцова РАН, г. Москва. Тема «Биоразнообразие и почвенных беспозвоночных заповедника». Срок действия до 2012 г.
Марийский государственный университет, г. Йошкар-Ола. Тема «Проведение практики со студентами». Ежегодно.
Марийский государственный технический университет, г. Йошкар-Ола. Тема «Паспортизация водных объектов заповедника». Ежегодно.
Учреждение Российской академии наук Центр по проблемам экологии и продуктивности лесов РАН. Тема «Мониторинг ценопопуляций лесообразующих видов». Ежегодно.
Учреждение Российской академии наук Институт географии РАН, г. Москва. Тема «Леса Восточной Европы: географическая изменчивость биологического разнообразия». Срок действия 2009 г.