Для зимнего периода времени учёт заповедных обитателей проводится методом зимних маршрутных учётов (ЗМУ).
Зимние маршрутные учёты - это многолетний мониторинг, необходимый для получения информации о состоянии популяций отдельных видов млекопитающих на территории заповедника.
Методика ЗМУ предусматривает, что до начала проведения учетных работ осуществляется подготовка схемы территории, с нанесением на нее протяженности и количества маршрутов, на которых планируется осуществлять учет зверей и птиц, составляется ведомость учетных маршрутов и экспликация площадей категорий среды обитания. Учетные маршруты должны располагаться на схеме исследуемой территории равномерно, могут быть однонаправленными или замкнутыми.
Учет может проводится в один или два дня. В первый день учета на учетном маршруте осуществляется затирка следов зверей, тропы копытных животных засыпаются снегом. Измеряется глубина снега. Затирка следов зверей может не проводиться, если за день до учета выпал снег глубиной не более 3 см и визуально можно определить, что след оставлен зверем после выпадения снега. Между выпадением снега и началом прохождения маршрута должно пройти 20 - 28 часов. Во второй день учета отмечается количество следов зверей, пересекающих учетный маршрут, их видовая принадлежность. Если животное, подойдя к лыжне, повернуло обратно, этот след записывается как 1 пересечение. При встрече троп копытных и пушных животных нужно пройти по тропе до того места, где следы разошлись, и определить их точное количество. Учет не проводится в метель, снегопад, а также если метель, снегопад были после дня окончания затирки следов зверей, если во время его проведения пошел снег или началась метель и стало невозможно определить, что следы зверей оставлены в период 20 - 28 часов с момента дня окончания затирки следов зверей.
В заповеднике «Большая Кокшага» ЗМУ проводится с 1995 года. Учеты 2020 года по счету будут 26. Уже накоплен определенный тренд и по ним можно сделать определенные выводы.
Зимний маршрутный учет относится к методам комплексного учета. С его помощью можно одновременно определить численность многих видов зверей: лося, рыси, волка, лисицы, куницы, хори, ласки, выдры, белки, зайцев, кабана, - в пределах их естественного ареала. Одновременно можно определить численность птиц, таких как рябчика, тетерева, глухаря.
Численность лося за последние 3 года весьма стабильны и колеблется от 50 до 70 голов. Численность крупных хищников, таких как рысь, невелика и не превышает 2 особи. Количество волков невысокая, отмечаются проходные звери.
Обычно выход на зимние маршрутные учёты в заповеднике «Большая Кокшага» начинается после январских праздников и заканчивается в конце февраля.
Чем выше возраст заповедника и дольше проводится ЗМУ, тем больше временной ряд, тем точнее можно прогнозировать численность животных.