Заповедником «Большая Кокшага» заключены два договора с Департаментом экологической безопасности, природопользования и защиты населения Республики Марий Эл.
Первый договор на подготовку к изданию макета Красной книги Республики Марий Эл (растения, грибы). Следует сказать, что заповедник уже третий раз принимает участие в подготовке подобного рода изданий. Первая Красная книга животных вышла в 2002 году, вторая — Красная книга (грибы, лишайники, мхи) в 2006 году, третья должна быть опубликована в 2013 году. Примечательно, что автором второй книги, а также намечаемой к изданию, является старший научный сотрудник заповедника Геннадий Алексеевич Богданов, один из ведущих флористов и натуралистов не только в республике, но и за ее пределами.
Второй договор на проведение мероприятий по организации особо охраняемых природных территорий (памятник природы республиканского значения «Урочище Йошкар-Сер»). Идея выдвинуть данную территорию на статус ООПТ принадлежит Геннадию Богданову. И это не случайно, поскольку здесь обнаружены места произрастания редких видов растений, лишайников и мхов.
Общая сумма полученных заповедником средств от выполнения работ составит более 300 тыс. руб.
Таким образом, роль заповедника в изучении природы республики наряду с университетами весьма значительна.