Вдоль границ заповедника «Большая Кокшага» почти девять километров тянется прямой, тонкой нитью магистральный нефтепровод «Сургут-Полоцк». Для заповедника особую опасность представляет его подводный переход через реку Большая Кокшага.
26 сентября 2012 года в целях проведения заблаговременных мероприятий по созданию на потенциально опасных речных объектах условий для защиты людей и материальных ценностей от аварийного выхода нефти, были проведены учебно-тренировочные занятия. Марийское Районное Нефтепроводное управление совместно с сотрудниками заповедника «Большая Кокшага» отработали систему оповещения в случае аварийного выхода нефти на подводном переходе магистрального нефтепровода «Сургут- Полоцк», оперативную установку каскада боновых заграждений на двух рубежах. Роль нефти играли теннисные шарики, которые были пущены в воду, но, к сожалению, не достигли цели и застряли в крутых излучинах реки. Техническую возможность оперативного развертывания бонового заграждения, которое установили в 700 метрах ниже подводного перехода продемонстрировали сотрудники НПС «Килемары». Сотрудники НПС «Дубники» установили другое боновое заграждение в 6 километрах ниже по течению реки Большая Кокшага, на пристани Аргамач.
В ходе учебно-тренировочных занятий также отрабатывались требования по охране труда, пожарной промышленной безопасности и требований охраны природы. Сотрудничество с нефтепроводным управлением показывает надежность сохранения природных объектов на территории заповедника.
